在生物安全柜，一般都會建議使用者不使用明火，這是有原因的，原因有三：

如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機柜，在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環，可燃氣體的濃度可能達到爆炸性潛力，不僅對生物安全柜本身，而且對用戶和實驗室構成嚴重風險。

如果明火變得太熱，還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將過濾介質保持在其框架上，破壞了HEPA過濾器的有效性，導致正壓通風系統中的安全殼損失。

II類生物安全柜通過在機柜的工作區域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護，熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產生湍流并阻礙BSC保護工作區域樣品的能力。